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三年春正月乙卯，桓温攻打成都，克之。丁亥日，李势投降，益州平定。林邑范文攻陷日南，害太守夏侯览，用尸体祭天。夏四月，地震。蜀人邓定、隗文率领军队反叛，桓温又击败他们，并派益州刺史周抚镇彭模。丁巳，邓定、隗文两次入据成都，征虏将军杨谦放弃涪城，退保德阳。五月戊申，进升慕容皝为安北将军。石季龙又派他的将领石宁、麻秋等人攻打凉州，驻在曲柳。张重华派将军牛旋抵御他们，退守枹罕。六月辛酉，大赦天下。秋七月，范文再次攻陷日南，杀害守将刘雄。隗文立范贲为皇帝。八月戊午，张重华的将领谢艾进击麻秋，大败他们。九月，地震。冬十月乙丑，暂任凉州刺史张重华为大都督陇右关中诸军事、护羌校尉、大将军，武都氐王杨初为征南将军、雍州刺史、平羌校尉、仇池公，全都授假节。十二月，振威护军萧敬文杀害征虏将军杨谦，攻打涪城，攻下。随之夺取巴西，与汉中相通。
四年夏四月，范文侵犯九德，杀害了很多人。五月，发大水。秋八月，进安西将军桓温为征西大将军、开府仪同三司，封临贺郡公；西中郎将谢尚为安西将军。九月丙申，慕容皝死，他的儿子幕容隽继承伪位。冬十月己未，地震。石季龙派他的将领苻健攻打竟陵。十二月，豫章人黄韬从称孝神皇帝，聚集了数千人，攻打临川，太守庾条征讨伐，并消灭了他们。
五年春正月辛巳初一，大赦天下。庚寅日，地震。石季龙在邺城即皇帝位。二月，征北大将军褚裒让部将王龛北伐，俘获石季龙的将领导支重。夏四月，益州刺史周抚、龙骧将军朱焘攻打范贲，并把他抓了起来，益州平定。封周抚为建城公。暂任慕容隽大将军、幽平二州牧、大单于、燕王。征西大将军桓温派督军滕畯讨伐划范文，被范文打败。石季龙死，他的儿子继承伪位。五月，石遵废了石世，从立为皇帝。六月，桓温屯安陆，派各将讨伐伐河北。石遵的扬州刺史王浃率领寿阳人马来投降。秋七月，褚裒进驻彭城，派派部将王龛、李迈和石遵的将领李农交战，官军被打得大败，王龛被李农俘获，李迈战死。八月，褚裒退驻广陵，西中郎将陈逵焚烧寿春城后逃跑。梁州刺史司马勋在长城戍攻打石遵，仇池公杨初袭出西城，都打败了敌人。冬十月，石遵将石遇打攻宛，攻克，俘获了南阳太守郭启。司马勋进驻悬钩，石季龙故将麻秋抵抗他，司马勋退回梁州。十一月丙辰，石鉴弑石遵，从立为帝。十二月己酉，使持节、都督徐兖二州诸军事、徐州刺史、征北大将军、开府仪同三司、都乡侯褚裒去世。任命建武将军、吴国内史荀羡为使持节、监徐、兖二州诸军事、北中郎将、徐州刺史。
六年春正月，穆帝上朝，因为褚裒丧葬的缘故，乐器悬挂起来不秦乐。闰月，冉闵杀石鉴，自称天王，国号为魏。石鉴的弟弟石祗也在襄国称帝。丁丑日，彗星出现在亢宿。己丑日，加任中军将军殷浩督扬豫徐兖青五州诸军事、假节。氐率领苻洪派使者来投降，任苻蔡共为氐王，封广川郡公。暂援苻洪的儿子苻健苻节，监河北诸军事、右将军，封襄国县公。三月，石季龙的老将麻秋在枋头杀死苻洪。夏五月，发大水。庐江太守袁真攻打合肥，克之。六月，石祗派其弟石琨在邯郸攻打冉闵的将领王泰，石琨的军队被打得大败。秋八月，辅国将军、谯王司马无忌去世。苻健率领军队入关。冬十一月，冉闵围攻襄国。十二月，把司徒蔡谟贬为庶人。这一年，有大瘟疫。
七年春正月丁酉初一，日食。辛丑日，鲜卑段龛献上青州来投降。苻健僣称王，国号为秦。二月戊寅，任命段龛为镇北将军，封齐公。石祗在襄国把败冉打得大败。夏四月，梁州刺史司马勋出步骑三万，从汉中入秦川，在五丈原和符健交战，官军大败。加任尚书令顾和为开府仪同三司。刘显杀石祗。五月，石祗的兖州刺史刘启从鄄城来投奔。秋七月，尚书令、左光禄大夫、开府仪同三司顾和去世。甲辰日，洪水冲入石头城，溺死数百人。八月，冉闵的豫州牧张遇率领许昌人马来投降，授张遇镇西将军。九月，峻阳、太阳两陵崩塌。甲辰日开始，皇帝穿着素服上太极殿三天，派兼太常赵拔修复山陵。冬十月，雷有雨，电闪雷鸣。十一月，石祗的将领姚弋仲、冉闵的将领魏脱各派人来表示投降，任命弋仲为车骑将军、大单于，封高陵郡公；姚弋仲儿子姚襄为平北将军、都督并州诸军事、并州刺史、平乡县公；魏脱为安北将军、监冀州诸军事、冀州刺史。十二月辛未日，征西大将军桓温率领军队北伐，到武昌后停下。当时石季龙老部下周成屯驻在廪丘，高昌屯驻在野王，乐立屯驻在许昌，李历屯驻在卫国，全都先后来投降。
八年春正月辛卯，日食。刘显在襄国僣帝号，冉闵打败刘显，杀了他。苻健在长安称帝号。二月，峻平、崇阳两陵崩。戊辰日开始，穆帝上朝三天，派殿中都尉王惠到洛阳，任命卫五陵。镇西将军张遇在许昌反叛，派他的同党上官恩据守洛阳。乐弘在仓垣攻打督护戴施。三月，派北中郎将荀羡镇守淮阴。苻健的别率领入侵顺阳，太守薛珍打败了他们。夏四月，冉闵被慕容隽所灭。幕容隽在中山僣称帝号，国号燕。安西将军谢尚率领姚襄与张遇战于许昌的诫桥，官军大败。苻健派他的弟弟苻雄花卉攻击张遇，俘虏了他。秋七月，祭天求雨。石季龙的故将王擢派使者来请求投降，任王擢为征西将军、秦州刺史。丁酉日，任命镇军大将军、武陵王司马晞为太宰，任命抚军大将军、会稽王司马昱为司徒，征西大将军桓温为太尉。八月，平西将军周抚讨伐萧敬文于涪城，杀了他。冉闵的儿子冉智率领邺城人马投降，督护戴施得到了他的传国玉玺，呈送皇上，玺文是“受天之命，皇帝寿昌”百官都来庆贺。九月，冉智被的将领马愿逮捕，向慕容恪投降。中军将军殷浩率领军队北伐，驻在泗口，派河南太守戴施占据石门，荥阳太守刘遂戍仓垣。冬十月，秦州刺史王擢为苻健所逼迫，逃到凉州。
九年春正月乙卯初一，大赦天下。张重华派王擢与苻健将领苻雄交战，王擢的军队大败。丙寅日，皇太后与皇帝共同拜祭建平陵。三月，天旱。交州刺史阮敷讨伐林邑范佛于日南，攻破敌人五十多个营垒。夏四月，任命安西将军谢尚为尚书仆射。五月，瘟疫大流行。张重华两次派王擢攻击秦州，攻克。仇池公杨初被苻雄打败。秋七月丁酉，地震，发出雷鸣般的声音。八月，派兼太尉、河间王钦修复五陵。冬十月，中军将军殷浩进驻山桑，派平北将军姚襄为前锋，姚襄反叛，反过来攻打殷浩，殷浩丢弃辎重，退保谯城。丁未日，凉州牧张重华去世，他的儿子张耀灵继任。当月，张祚弑耀灵自称凉州牧。十一月，殷浩使部将刘启、王彬之讨伐姚襄，又被姚襄打败，姚襄进据芍陂。十二月，加援尚书仆射谢尚为都督豫、扬、江西诸军事，兼领豫州刺史，镇守历阳。
十年春正月己酉初一，皇帝上朝，由于五陵未修复，乐器悬而不奏。凉州牧张祚僣帝位。冉闵降将周成举兵反，从宛陵袭洛阳。辛酉日，河南太守戴施奔鲔渚。丁卯日，地震，有声如雷。二月己丑，太尉、征西将军桓温率领师伐关中。废扬州刺史殷浩为庶人，任命前会稽内史王述为扬州刺史。夏四月己亥，温及苻健子苌战于蓝田，大败之。五月，江西乞活郭敞等执陈留内史刘仕而叛，京师震骇，任命吏部尚书周闵为中军将军，屯于中堂，豫州刺史谢尚从历阳还卫京师。六月，苻健将苻雄悉众及桓温战于白鹿原，官军大败。秋九月辛酉，桓温粮尽，引还。
十一年春正月甲辰，侍中、汝南王司马统去世。平羌校尉、仇池公杨初为其部将梁式杀害，杨初的儿子杨国继承爵位，于是扬国为镇北将军、秦州刺史。齐公段龛在郎山袭击慕容隽的将领荣国，打败了荣国。夏四月壬申，降霜。乙酉，地震。姚襄率领军队侵犯外黄，冠军将军高季大败他们。五月丁未日，又地震。六月，苻健死，他的儿子苻生继伪位。秋七月，宋混、张瓘杀张祚，而立张耀灵的弟张玄靓为大将军、凉州牧，派使来投降。任命吏部尚书周闵为尚书左仆射，领军将军王彪之为尚书右仆射。冬十月，进升豫州刺史谢尚督并冀幽三州诸军事、镇西将军，镇守马头。十二月，慕容恪率领军队入侵广固。壬戌日，上党人冯鸯自称太守，背叛苻生派人来投降。
十二年春正月丁卯，皇帝上朝，因为皇太后母死，悬挂乐器而不奏乐。镇北将军段龛在广固和慕容恪交战，大败幕容恪，幕容恪退守安平。二月辛丑日，皇帝讲孝经。三月，姚襄进入许昌，朝廷任命太尉桓温为征讨大都督讨伐姚襄。秋八月己亥，桓温在伊水和姚襄交战，大败姚襄，姚襄逃到平阳，把残余的三千多家眷徙到江汉之间，抓获周成而回。派扬武将军毛穆之，督护陈午，辅国将军、河南太守戴施镇守洛阳。冬十月癸巳初一，日食。慕容恪攻打段龛于广固，朝廷派北中郎将荀羡率领军队驻在琅邪救援段龛。十一月，派兼司空、散骑常侍车灌，龙骧将军袁真等人持节到洛阳，修复五陵。十二月庚戌，因为要修五陵，到太庙祭告祖先，皇帝和大臣们都穿丝麻丧服，于太极殿临朝三日。这一年，仇池公杨国被他的叔父杨俊杀死，杨俊自立为仇沲公。
升平元年春正月壬戌初一，皇帝加元服，在太庙祭告祖先，开始亲自处理国家大事。大赦，改年号，文武官员爵位都晋升一等。皇太后居住在崇德宫。丁丑日，有一块陨石落在槐里。当月，镇北将军、齐公段龛被慕容恪攻陷，遇害。扶南竺旃檀进献驯象，皇帝下诏说：“从前先帝因为异国的怪兽有的成为人患，禁止过。现在趁着还没有来到，可以让它们回到原来的地方去。”三月，皇帝讲孝经。壬申日，亲自在中堂祭奠孔子。夏五月庚午，镇西将军谢尚去世。苻生的将领苻眉、苻坚打姚襄，在三原交战，杀了姚襄。六月，苻坚杀苻生自立为王。朝廷任命军司谢奕为使持节、都督、安西将军、豫州刺史。秋七月，苻坚军援将领张平率领并州人马投降，便任命张平为并州刺史。八月丁未日，立皇后何氏，大赦，赐赏孝悌鳏寡的人大米，每人五斛，欠租和欠债的都免除，大宴三日。冬十月，皇后进于太庙。十一月，有雷。十二月，任命太常王彪之为尚书左仆射。
二年春正月，司徒、会稽王司马昱稽赔罪还政，皇帝不允许。三月，慕容隽攻陷冀州各郡，皇帝诏令安西将军谢奕、北中郎将荀羡北伐。三月，佽飞督王饶进献鸩鸟，皇帝很生气，罚打二百鞭，派殿中御史在八通八达的路口焚烧鸩鸟。夏五月，发大水。有慧星进入天船星区。六月，并州刺史张平被苻坚所逼，率领三千人马逃往于平阳，苻坚追上并打败了他。慕容恪进据上党，冠军将军冯鸯率领军事反叛，归附了慕容隽，慕容隽全部攻占了河北的地方。秋八月，安西将军谢奕去世。壬申日，任命吴兴太守谢万为西中郎将、持节、监司豫冀并四州诸军事、豫州刺史。任命散骑常侍郗昙为北中郎将、持节、都督徐兖青冀幽五州诸军事、徐兖二州刺史，镇守下邳。冬十月乙丑日，陈留王曹劢去世。十一月庚子，打雷。辛酉日，地震。十二月，北中郎将荀羡和慕容隽在山荏交战，荀羡大败。
三年春三月甲辰，下诏书，因为连年打仗，粮草运输跟不上，自王公以下每十三户借调一个人帮助运输一年。秋七月，平北将军高昌被慕容隽攻逼，从白马逃往荥阳。冬十月慕容隽侵犯东阿，朝廷派西中郎将谢万驻在下蔡，北中郎将郗昙驻在高平，攻打慕容隽，官军大败。十一月戊子日，进升杨州刺史王述为卫将军。十二月，又任命中军将军、琅邪王丕为骠骑将军，东海王奕为车骑将军。封武陵王晞子<王逢>为梁王。交州刺史温放之率领军队讨伐林邑参黎、耽潦，全都降服了他们。
四年春正月，仇池公杨俊去世，儿子杨世继承爵位。丙戌日，慕容隽死，儿子幕容暐继伪位。二月，凤皇带九个小凤凰出现在丰城。秋七月，因为频繁打仗和徭役，省减宫廷膳食。八月辛丑初一，日食，是全食。冬十月，天狗星落于西南。十一月，封太尉桓温为南郡公，弟弟桓冲为丰城县公，儿子桓济为临贺郡公。凤凰又出现在丰城，有众多的鸟跟随。
五年春正月戊戌，大赦，赏赐鳏寡孤独没有生活能力的人每人五斛米。北中郎将、都督徐兖青冀幽五州诸军事、徐兖二州刺史郗昙去世。二月，任命镇军将军范汪为都督徐兖青冀幽五州诸军事、安北将军、徐兖二州刺史。平南将军、广州刺史、阳夏侯滕含去世。夏四月，发大水。太尉桓温镇守宛城，派他弟弟桓豁率领部队攻取许昌。凤皇出现在沔北。五月丁巳，穆皇帝在显阳殿去世，当时十九岁。安葬在永平陵，庙号孝宗。
哀皇帝名司马丕，字千龄，成帝长子也。咸康八年封为琅邪王。永和元年援散骑常侍，十二年加授中军将军，升平三年除骠骑将军。
升平五年五月丁巳，穆帝去世。皇太后下令说：“穆帝突然患病不能治，继承人没有立，琅邪王司马丕，是中兴王室的正统，德性完美的宗亲。从前在咸康时应当作太子。因为年岁幼小，不足以承担国难，所以显宗成帝让位给康帝。现在亲情名望地位，没有能比得上他的，让琅邪王继承皇统。”于是百官准备好马车，到琅邪王的府第去迎接。庚申日，琅邪王即皇帝位，大赦天下。壬戌日，下诏说：“朕得以承受圣明之命，入朝接受皇位。想到先王宗庙，祭祀没有主人，太妃哭丧的宫庭，空旷没有可以安身之处，心中十分悲痛，五脏就像抽割一样痛楚。宗国所尊崇的，情和礼受到同样重视，子孙继嗣的重要，情与义没有不同。东海王司马奕，是亲近的戚属，应当敬承本族统绪，应以司马奕为琅邪王。”秋七月戊午，把穆皇帝安葬在永平陵。慕容恪攻陷野王，守将吕护退保荥阳。八月己卯日晚上，天空有裂缝，宽数丈，有雷一般的声音。九月戊申，立皇后王氏。穆帝皇后何氏称永安宫。吕护反叛，投奔了莫容暐。冬十月，安北将军范汪犯了罪，被废为庶人。十一月丙辰，下诏说：“显宗成皇帝顾命临终时留下遗命，因为时事多难，弘扬高世的风教，树立德义博得威重，用以振兴社稷。但是国难不断，康帝穆帝过早地离开人世，继续的国运不盛。朕以寡薄的德行，又继承先王的事业，心中有长久的思慕，悲痛摧折人心。昭穆两个皇帝的大义，原本应遵从上天。继承国家大业，是古今的常道。理应上继显宗，用以绵延本族统绪。”十二月，加凉州刺史张玄靓为大都督陇右诸军事、护羌校尉、西平公。
隆和元年春正月壬子，大赦，改年号。甲寅日，削减田税，每亩收税二升。当月，慕容暐的将领吕护、傅末波攻陷小垒，进逼洛阳。二月辛未，任命辅国将军、吴国内史庾希为北中郎将、徐兖二州刺史，镇守下邳；任命前锋监军、龙骧将军袁真为西中郎将、监护豫司并冀四州诸军事、豫州刺史，镇汝南，都暂授苻节。丙子日，推尊生母亲周氏为皇太妃。三月甲寅初一，日食。夏四月，天旱。诏令释放罪轻的囚犯，赈求困乏之人。丁丑日，梁州地震，浩衅有山崩塌。吕护又侵犯洛阳。乙酉日，辅国将军、河南太守戴施逃到于宛。五月丁巳日，派北中郎将庾希、竟陵太守邓遐率领水军救援洛阳。秋七月，吕护等人退守小平津。进升琅邪王司马奕为侍中、骠骑大将军、开府。邓遐进驻新城，庾希部将何谦和慕容暐将刘则在檀丘交战，打败了刘则。八月，西中郎将袁真进驻汝南，运送五万斛米以赠送给洛阳。冬十月，赏赐大米给贫穷的人，每人五斛。章武王司马珍去世。十二月戊午初一，日食。皇帝下诏说：“军旗出征驻守，未能减轻赋税和徭役。天象失度，大旱成灾。难道是政事还不和洽，还是有如传说、以及像渭水之滨的隐士吗！可访求推举隐士免除严峻繁琐的赋税，周祥地商议法令，全部遵循减损之要。”庾希从下邳退守山阳，袁真从汝南退守寿阳。
兴宁元年春二月己亥日，大赦天下，改年号。三月壬寅，皇太妃去世于琅邪府。癸卯日，皇帝奔丧，诏令司徒、会稽王昱总管内外众务。夏四月，慕容暐侵犯荥阳，太守刘远逃奔鲁阳。甲戌日，扬州地震，湖水河水泛溢。五月，加授征西大将军桓温侍中、大司马、都督中外诸军事、录尚书事、假黄钺。又任命西中郎将袁真都督司、冀、并三州诸军事，北中郎将瘦希都督青州诸军事。癸卯，慕容暐攻陷密城，荥阳太守刘远逃往江陵。秋七月，张天锡弑凉州刺史、西平公张玄靓，从称大将军、护羌校尉、凉州牧、西平公。丁酉日，葬章皇太妃。八月，有彗星进入二宿星区，进入天市。九月壬戌日，大司马桓温率领军队北伐。癸亥日，因为皇子出生，大赦天下。冬十月甲申，立陈留王的世子曹恢为王。十一月，姚襄原来的将领张骏杀死江州督护赵毗，焚烧武昌城，抢劫了官府官府的仓库反叛，江州刺史桓冲讨讨伐并杀了张骏。这一年，慕容暐将领慕容尘在升平攻打陈留太守袁披。汝南太守朱斌乘虚袭击许昌成功。
二年春二月庚寅，江陵地震。慕容暐的将领慕容评袭击许昌，颍川太守李福战死。幕容评入侵汝南，太守朱斌逃往寿阳。幕容评又进兵围攻陈郡，太守朱辅环城固守。桓温派江夏相刘岵击退幕容评。改左军将军为游击将军，罢除右军、前军、后军将军五校三将官。癸卯日，皇帝亲自下田劳动以发展农业。三月庚戌初一，大规模地核查户口人数，严历法令，称为庚戌制。辛未日，皇帝病重。皇帝平素喜欢长生不老之术，不吃五谷，专吃长生药，服食过多，于是中了毒，不能治理国政，崇德太后再次上朝摄政。夏四月甲申，慕容暐派他的将领李洪入侵许昌，官军大败于悬瓠，朱斌逃往淮南，朱辅退保彭城。桓温派西中郎将袁真、江夏相刘岵等凿阳仪道用以运输，温率领水军驻在合肥，慕容尘再次驻许昌。五月，把陈郡人迁到陆以躲避幕容氏。戊辰日，任命扬州刺史王述为尚书令、卫将军。任命桓温为扬州牧、录尚书事。壬申日，朝廷派人宣召桓温入朝当宰相，桓温不同意。秋七月丁卯，再次下圣旨招桓温入朝。八月，桓温到了赭圻，就筑城居住在那里。苻坚部队入侵河南，慕容暐侵犯洛阳。九月，冠军将军陈祐留下长史沈劲守卫洛阳，自已带部队逃往新城。
三年春正月庚申，皇后王氏去世。二月乙未，任命右将军桓豁监荆州扬州的义城和雍州的京兆诸军事、领南蛮校尉、荆州刺史；桓冲监江州荆州之江夏随郡豫州和汝南西阳新蔡颍川六郡诸军事、南中郎将、江州刺史，领南蛮校尉，都授节。丙申日，皇帝在西堂去世，当时二十五岁。葬在安平陵。
废皇帝名司马奕，字延龄，是哀帝的同母兄弟。咸康八年封为东海王。永和八年授散骑常侍，不久加授镇军将军；升平四年授车骑将军。五年，改封琅邪王。隆和初年，转任侍中、骠骑大将军、开府仪同三司。
兴宁三年二月丙申，哀帝去世，没有儿子。丁酉日，皇太后下诏说：“皇帝竟然患病不治，祸难频繁降临，哀家的心情很难受。琅邪王司马奕，德性完美，是德才兼备的亲属，应当继承皇位，宜敬奉祖宗，继承皇统。请迅速准备好即位，以让人神安宁。”于是百官到琅邪府去迎奉琅邪王。当天即皇帝位，大赦天下。三月壬申，把哀皇帝安葬在安平陵。癸酉日，散骑常侍、河间司马王钦去世。丙子日，慕容暐的将慕容恪攻陷洛阳，宁朔将军竺瑶逃往襄阳，冠军长史、扬武将军沈劲战死。夏六月戊子，使持节、都督益宁二州诸军事、镇西将军、益州刺史、建城公周抚去世。秋七月，匈奴左贤王卫辰、右贤王曹谷率领军队二万入侵苻坚的杏城。己酉日，改封会稽王司马昱为琅邪王。壬子日，立皇后庾氏。封琅邪王司马昱的儿子司马昌明为会稽王。冬十月，梁州刺史司马勋反叛，自称成都王。十一月，司马勋率领军队进入剑阁，攻打涪城，西夷校尉毌丘暐弃城逃跑。乙卯日，司马勋在成都围攻益州刺史周楚，桓温派江夏相朱序救援周楚。十二月戊戌，任命会稽内史王彪之为尚书仆射。
太和元年春二月己丑，任命凉州刺史张天锡为大将军、都督陇右关中诸军事、西平郡公。丙申日，任命宣城内史桓秘为持节、监梁益二州征讨伐诸军事。三月辛亥，新蔡王司马邈去世。荆州刺史桓豁派督护桓罴攻南郑，魏兴人毕钦率领军队策应桓豁。夏四月，干旱。五月戊寅，皇后庾氏去世。朱序在成都攻打司马勋，司马勋的军队溃败，朱序俘获了司马勋并杀了他。秋七月癸酉，把孝皇后安葬在敬平陵。九月甲午，特赦梁、益二州。冬十月辛丑，苻坚的将领王猛、杨安攻打南乡，荆州刺史桓豁救去救援，军队驻在新野，王猛、杨安退却。任命会稽王司马昱为丞相。十二月，南阳人赵弘、赵忆等战据宛城谋反，太守桓澹逃到新野固守。慕容暐的将领慕容厉攻陷鲁郡、高平。
二年春正月，北中郎将庾希犯了罪，逃到海上。夏四月，慕容暐的将领慕容尘侵犯竟陵，太守罗崇打败了他们。苻坚的将领王猛侵犯寇凉州，张天锡打击他们，王猛的军队被打得大败。五月，右将军桓豁攻打赵忆，赵忆逃跑，恒豁进攻，俘获了慕容暐的将领赵槃，押送到京师。秋九月，任命会稽内史郗愔为都督徐兖青幽四州诸军事、平北将军、徐州刺史。冬十月乙巳，彭城王司马玄去世。
三年春三月丁巳初一，日食。癸亥日，大赦。夏四月癸巳，下冰雹，还有龙卷风。秋八月壬寅，尚书令、卫将军、蓝田侯王述去世。
四年夏四月庚戌，大司马桓温率领军队攻打慕容暐。秋七月辛卯，幕容暐的将领慕容垂率领军队抵抗距温，桓温击败了他们。九月戊寅，桓温裨将邓遐、朱序在林渚遭遇慕容暐的将领傅末波，又大败他们。戊子日，桓温到达枋头。丙申日，因为粮草运输接不上，焚烧了舟船后返回。辛丑日，慕容垂在襄邑追上并击败了桓温的后军。冬十月，有彗星向西飞落，有雷鸣般的声音。己巳日，桓温招招集散兵，屯兵在山阳。豫州刺史袁真率寿阳反叛。十一月辛丑日，桓温从山阳到涂中和会稽王司马昱会晤，准备谋划日后的行动。十二月，在广陵建城居住。
五年春正月己亥，袁真的儿子袁双之、袁爱之害死梁国内史朱宪、汝南内史朱斌。二月癸酉，袁袁真死，陈郡太守朱辅立袁真的儿子袁瑾继嗣，向慕容暐求救。夏四月辛未，桓温部将竺瑶在武丘打败袁瑾。秋七月癸酉初一，日食。八月癸丑，桓温在寿阳击败袁瑾。九月，苻坚的将领王猛攻打慕容暐，攻陷上党。广汉妖贼李弘和益州妖贼李金根聚集人马造**，李弘自称为圣王，有一万多人，梓潼太守周虓讨伐平定了他们。冬十月，王猛大破在潞川大败慕容暐的将领慕容评于潞川。十一月，王猛攻克邺，俘获了慕容暐，全部占有了他的领地。
六年春正月，苻坚派将领王鉴救援袁瑾，将军桓伊迎击，大败王鉴。丁亥日，桓温攻克寿阳，斩袁瑾。三月壬辰，监益宁二州诸军事、冠军将军、益州刺史、建城公周楚去世。夏四月戊午，大赦，赐贫苦和老年无子的人粮食，每人五斛。苻坚的将领苻雅攻打仇池，仇池公杨纂投降。六月，京都和丹阳、晋陵、吴郡、吴兴、临海都大水。秋八月，任命前宁州刺史周仕孙为假节、监益梁二州诸军事、益州刺史。冬十月壬子，高密王司马俊去世。十一月癸卯，桓温从广陵到白石屯驻。丁未日，谋划废黜当今皇帝，另立新皇帝，并放出传闻说皇帝在封国时早就有阳痿的疾病，他宠爱的人相龙、计好、朱灵宝等参于内室之事，使得他的两位美人田氏、孟氏生三病人个儿子，想受到分封立位，当时人们都很疑惑，桓温于是用伊尹、霍光的事迹委婉地劝说太后。己酉日，在朝堂里聚集百官，宣示崇德太后的令说：“王室艰难，穆帝、哀帝福运短暂，没来得及养育后代，无法立太子。琅邪王司马奕按亲属来说是皇帝的同母弟弟，所以让他入继皇位。没有想到他不建立德行，竟然到了这种地步，昏昧悖乱，违犯礼法。生了这三个孽障，不知道是谁的儿子。人伦之道丧失，丑恶的名声远扬。司马奕既不能谨守社稷，敬承祖宗，又极为昏乱悖孽，却想立太子封藩王。欺骗祖宗，动摇皇室基业，是可忍，孰不可忍！现在废黜司马奕为东海王，以东海王的身份返回宅第，供奉守卫的标准，都和汉朝昌邑王一样。这是我的不幸，遭逢了这么多的忧患，想起生者和死者，心如刀割。社稷大计，大义没有得以伸张。对着纸悲伤欲绝，怎么还能说话。”于是百官进入太极前殿，即日桓温让散骑侍郎刘享收回皇帝的玺绶。皇帝穿着白帢帽和单衣，走下西堂，乘坐牛车驶出神兽门。群臣恭敬地告别，无不觑欷叹息。侍御史、殿中监率领一百名士兵护送到东海府第。
当初，桓温有夺取帝位的野心，打算先在河朔立功，以得到世人的瞩目和声望。到了枋头失败后，威名顿时受损，就秘密地策划废除皇帝立新帝，以此来增加威势权力。但是又害怕皇帝恪守正道，担心这么做会招来议论。因为宫阐深闺之中的事情隐秘，床笫间的事情容易诬灭，就放出话说皇帝是没有性能力的人。于是进行了废黜。最初，皇帝也经常担心桓温，曾经召来术士扈谦下筮，卦象出来以后，扈谦说：“晋皇室像磐石一样稳固，陛下有离开宫廷的微象。”结果竟然和扈谦说的一样。
咸安二年正月，降封皇帝为海西县公。四月，徙居吴县，敕命吴国内史刁彝防卫，又派御史顾允监督。十一月，妖贼卢悚派弟子殿中监许龙大清早到海西县公大门前，称说有太后密诏，奉迎海西县公回去恢复皇位。皇帝开始想听从许龙，听取了集中统一的规谏后作罢。许龙说曰：“大事就要成功了，怎么还听女人的话呢？”皇帝说：“我犯了这样的罪，幸而承蒙宽宥，怎么敢轻举妄动呢！而且太后如果有诏令，就应该派自己的心腹来，为什么偏偏是你呢？你一定是作乱。”就呼喝侍从们绑了他，许龙惊慌逃走。皇帝知道皇位不能再得，很担心遭来横祸，就对世事不闻不门，无忧无虑，终日饮酒作乐，沉溺于内宠之中，不抚育自己的儿子，希望能保住自身。当时的人们哀怜他，给他唱赞歌。朝廷因为皇帝安于屈辱不再担忧他东山再起。太元十一年十月甲申，皇帝在吴国去世，当时四十五岁。
史臣曰：孝宗年幼，由母亲摄政，中外无事，安定了十多年。用武安君那样的雄才，在疆场开拓；用周文王那样的风化，施行到了江汉，那么这就是孔子所说的没有非议了。哀皇帝宽厚仁惠，可以做国君，但是祭祀祈福于上天，德行蒙受污损。海西公拒绝许龙让他恢复皇位，屈身于放逐之臣，正所谓是柔弱胜刚强，能够享尽天年的人。
赞曰：帝位虚设，母后当政，大孝为根本。遵循母亲教诲，成就诚信恭谦。可作西边玉垒的榜样，可作北边金墉的旗帜。迁徒的殷人追日的僰人，没有不来归顺的。哀后宽厚仁惠，神灵自来会集。海西公多难，灾祸降临头上。他不是辅臣，我也不是昌邑。
三年春正月乙卯，桓温攻打成都，克之。丁亥日，李势投降，益州平定。林邑范文攻陷日南，害太守夏侯览，用尸体祭天。夏四月，地震。蜀人邓定、隗文率领军队反叛，桓温又击败他们，并派益州刺史周抚镇彭模。丁巳，邓定、隗文两次入据成都，征虏将军杨谦放弃涪城，退保德阳。五月戊申，进升慕容皝为安北将军。石季龙又派他的将领石宁、麻秋等人攻打凉州，驻在曲柳。张重华派将军牛旋抵御他们，退守枹罕。六月辛酉，大赦天下。秋七月，范文再次攻陷日南，杀害守将刘雄。隗文立范贲为皇帝。八月戊午，张重华的将领谢艾进击麻秋，大败他们。九月，地震。冬十月乙丑，暂任凉州刺史张重华为大都督陇右关中诸军事、护羌校尉、大将军，武都氐王杨初为征南将军、雍州刺史、平羌校尉、仇池公，全都授假节。十二月，振威护军萧敬文杀害征虏将军杨谦，攻打涪城，攻下。随之夺取巴西，与汉中相通。
四年夏四月，范文侵犯九德，杀害了很多人。五月，发大水。秋八月，进安西将军桓温为征西大将军、开府仪同三司，封临贺郡公；西中郎将谢尚为安西将军。九月丙申，慕容皝死，他的儿子幕容隽继承伪位。冬十月己未，地震。石季龙派他的将领苻健攻打竟陵。十二月，豫章人黄韬从称孝神皇帝，聚集了数千人，攻打临川，太守庾条征讨伐，并消灭了他们。
五年春正月辛巳初一，大赦天下。庚寅日，地震。石季龙在邺城即皇帝位。二月，征北大将军褚裒让部将王龛北伐，俘获石季龙的将领导支重。夏四月，益州刺史周抚、龙骧将军朱焘攻打范贲，并把他抓了起来，益州平定。封周抚为建城公。暂任慕容隽大将军、幽平二州牧、大单于、燕王。征西大将军桓温派督军滕畯讨伐划范文，被范文打败。石季龙死，他的儿子继承伪位。五月，石遵废了石世，从立为皇帝。六月，桓温屯安陆，派各将讨伐伐河北。石遵的扬州刺史王浃率领寿阳人马来投降。秋七月，褚裒进驻彭城，派派部将王龛、李迈和石遵的将领李农交战，官军被打得大败，王龛被李农俘获，李迈战死。八月，褚裒退驻广陵，西中郎将陈逵焚烧寿春城后逃跑。梁州刺史司马勋在长城戍攻打石遵，仇池公杨初袭出西城，都打败了敌人。冬十月，石遵将石遇打攻宛，攻克，俘获了南阳太守郭启。司马勋进驻悬钩，石季龙故将麻秋抵抗他，司马勋退回梁州。十一月丙辰，石鉴弑石遵，从立为帝。十二月己酉，使持节、都督徐兖二州诸军事、徐州刺史、征北大将军、开府仪同三司、都乡侯褚裒去世。任命建武将军、吴国内史荀羡为使持节、监徐、兖二州诸军事、北中郎将、徐州刺史。
六年春正月，穆帝上朝，因为褚裒丧葬的缘故，乐器悬挂起来不秦乐。闰月，冉闵杀石鉴，自称天王，国号为魏。石鉴的弟弟石祗也在襄国称帝。丁丑日，彗星出现在亢宿。己丑日，加任中军将军殷浩督扬豫徐兖青五州诸军事、假节。氐率领苻洪派使者来投降，任苻蔡共为氐王，封广川郡公。暂援苻洪的儿子苻健苻节，监河北诸军事、右将军，封襄国县公。三月，石季龙的老将麻秋在枋头杀死苻洪。夏五月，发大水。庐江太守袁真攻打合肥，克之。六月，石祗派其弟石琨在邯郸攻打冉闵的将领王泰，石琨的军队被打得大败。秋八月，辅国将军、谯王司马无忌去世。苻健率领军队入关。冬十一月，冉闵围攻襄国。十二月，把司徒蔡谟贬为庶人。这一年，有大瘟疫。
七年春正月丁酉初一，日食。辛丑日，鲜卑段龛献上青州来投降。苻健僣称王，国号为秦。二月戊寅，任命段龛为镇北将军，封齐公。石祗在襄国把败冉打得大败。夏四月，梁州刺史司马勋出步骑三万，从汉中入秦川，在五丈原和符健交战，官军大败。加任尚书令顾和为开府仪同三司。刘显杀石祗。五月，石祗的兖州刺史刘启从鄄城来投奔。秋七月，尚书令、左光禄大夫、开府仪同三司顾和去世。甲辰日，洪水冲入石头城，溺死数百人。八月，冉闵的豫州牧张遇率领许昌人马来投降，授张遇镇西将军。九月，峻阳、太阳两陵崩塌。甲辰日开始，皇帝穿着素服上太极殿三天，派兼太常赵拔修复山陵。冬十月，雷有雨，电闪雷鸣。十一月，石祗的将领姚弋仲、冉闵的将领魏脱各派人来表示投降，任命弋仲为车骑将军、大单于，封高陵郡公；姚弋仲儿子姚襄为平北将军、都督并州诸军事、并州刺史、平乡县公；魏脱为安北将军、监冀州诸军事、冀州刺史。十二月辛未日，征西大将军桓温率领军队北伐，到武昌后停下。当时石季龙老部下周成屯驻在廪丘，高昌屯驻在野王，乐立屯驻在许昌，李历屯驻在卫国，全都先后来投降。
八年春正月辛卯，日食。刘显在襄国僣帝号，冉闵打败刘显，杀了他。苻健在长安称帝号。二月，峻平、崇阳两陵崩。戊辰日开始，穆帝上朝三天，派殿中都尉王惠到洛阳，任命卫五陵。镇西将军张遇在许昌反叛，派他的同党上官恩据守洛阳。乐弘在仓垣攻打督护戴施。三月，派北中郎将荀羡镇守淮阴。苻健的别率领入侵顺阳，太守薛珍打败了他们。夏四月，冉闵被慕容隽所灭。幕容隽在中山僣称帝号，国号燕。安西将军谢尚率领姚襄与张遇战于许昌的诫桥，官军大败。苻健派他的弟弟苻雄花卉攻击张遇，俘虏了他。秋七月，祭天求雨。石季龙的故将王擢派使者来请求投降，任王擢为征西将军、秦州刺史。丁酉日，任命镇军大将军、武陵王司马晞为太宰，任命抚军大将军、会稽王司马昱为司徒，征西大将军桓温为太尉。八月，平西将军周抚讨伐萧敬文于涪城，杀了他。冉闵的儿子冉智率领邺城人马投降，督护戴施得到了他的传国玉玺，呈送皇上，玺文是“受天之命，皇帝寿昌”百官都来庆贺。九月，冉智被的将领马愿逮捕，向慕容恪投降。中军将军殷浩率领军队北伐，驻在泗口，派河南太守戴施占据石门，荥阳太守刘遂戍仓垣。冬十月，秦州刺史王擢为苻健所逼迫，逃到凉州。
九年春正月乙卯初一，大赦天下。张重华派王擢与苻健将领苻雄交战，王擢的军队大败。丙寅日，皇太后与皇帝共同拜祭建平陵。三月，天旱。交州刺史阮敷讨伐林邑范佛于日南，攻破敌人五十多个营垒。夏四月，任命安西将军谢尚为尚书仆射。五月，瘟疫大流行。张重华两次派王擢攻击秦州，攻克。仇池公杨初被苻雄打败。秋七月丁酉，地震，发出雷鸣般的声音。八月，派兼太尉、河间王钦修复五陵。冬十月，中军将军殷浩进驻山桑，派平北将军姚襄为前锋，姚襄反叛，反过来攻打殷浩，殷浩丢弃辎重，退保谯城。丁未日，凉州牧张重华去世，他的儿子张耀灵继任。当月，张祚弑耀灵自称凉州牧。十一月，殷浩使部将刘启、王彬之讨伐姚襄，又被姚襄打败，姚襄进据芍陂。十二月，加援尚书仆射谢尚为都督豫、扬、江西诸军事，兼领豫州刺史，镇守历阳。
十年春正月己酉初一，皇帝上朝，由于五陵未修复，乐器悬而不奏。凉州牧张祚僣帝位。冉闵降将周成举兵反，从宛陵袭洛阳。辛酉日，河南太守戴施奔鲔渚。丁卯日，地震，有声如雷。二月己丑，太尉、征西将军桓温率领师伐关中。废扬州刺史殷浩为庶人，任命前会稽内史王述为扬州刺史。夏四月己亥，温及苻健子苌战于蓝田，大败之。五月，江西乞活郭敞等执陈留内史刘仕而叛，京师震骇，任命吏部尚书周闵为中军将军，屯于中堂，豫州刺史谢尚从历阳还卫京师。六月，苻健将苻雄悉众及桓温战于白鹿原，官军大败。秋九月辛酉，桓温粮尽，引还。
十一年春正月甲辰，侍中、汝南王司马统去世。平羌校尉、仇池公杨初为其部将梁式杀害，杨初的儿子杨国继承爵位，于是扬国为镇北将军、秦州刺史。齐公段龛在郎山袭击慕容隽的将领荣国，打败了荣国。夏四月壬申，降霜。乙酉，地震。姚襄率领军队侵犯外黄，冠军将军高季大败他们。五月丁未日，又地震。六月，苻健死，他的儿子苻生继伪位。秋七月，宋混、张瓘杀张祚，而立张耀灵的弟张玄靓为大将军、凉州牧，派使来投降。任命吏部尚书周闵为尚书左仆射，领军将军王彪之为尚书右仆射。冬十月，进升豫州刺史谢尚督并冀幽三州诸军事、镇西将军，镇守马头。十二月，慕容恪率领军队入侵广固。壬戌日，上党人冯鸯自称太守，背叛苻生派人来投降。
十二年春正月丁卯，皇帝上朝，因为皇太后母死，悬挂乐器而不奏乐。镇北将军段龛在广固和慕容恪交战，大败幕容恪，幕容恪退守安平。二月辛丑日，皇帝讲孝经。三月，姚襄进入许昌，朝廷任命太尉桓温为征讨大都督讨伐姚襄。秋八月己亥，桓温在伊水和姚襄交战，大败姚襄，姚襄逃到平阳，把残余的三千多家眷徙到江汉之间，抓获周成而回。派扬武将军毛穆之，督护陈午，辅国将军、河南太守戴施镇守洛阳。冬十月癸巳初一，日食。慕容恪攻打段龛于广固，朝廷派北中郎将荀羡率领军队驻在琅邪救援段龛。十一月，派兼司空、散骑常侍车灌，龙骧将军袁真等人持节到洛阳，修复五陵。十二月庚戌，因为要修五陵，到太庙祭告祖先，皇帝和大臣们都穿丝麻丧服，于太极殿临朝三日。这一年，仇池公杨国被他的叔父杨俊杀死，杨俊自立为仇沲公。
升平元年春正月壬戌初一，皇帝加元服，在太庙祭告祖先，开始亲自处理国家大事。大赦，改年号，文武官员爵位都晋升一等。皇太后居住在崇德宫。丁丑日，有一块陨石落在槐里。当月，镇北将军、齐公段龛被慕容恪攻陷，遇害。扶南竺旃檀进献驯象，皇帝下诏说：“从前先帝因为异国的怪兽有的成为人患，禁止过。现在趁着还没有来到，可以让它们回到原来的地方去。”三月，皇帝讲孝经。壬申日，亲自在中堂祭奠孔子。夏五月庚午，镇西将军谢尚去世。苻生的将领苻眉、苻坚打姚襄，在三原交战，杀了姚襄。六月，苻坚杀苻生自立为王。朝廷任命军司谢奕为使持节、都督、安西将军、豫州刺史。秋七月，苻坚军援将领张平率领并州人马投降，便任命张平为并州刺史。八月丁未日，立皇后何氏，大赦，赐赏孝悌鳏寡的人大米，每人五斛，欠租和欠债的都免除，大宴三日。冬十月，皇后进于太庙。十一月，有雷。十二月，任命太常王彪之为尚书左仆射。
二年春正月，司徒、会稽王司马昱稽赔罪还政，皇帝不允许。三月，慕容隽攻陷冀州各郡，皇帝诏令安西将军谢奕、北中郎将荀羡北伐。三月，佽飞督王饶进献鸩鸟，皇帝很生气，罚打二百鞭，派殿中御史在八通八达的路口焚烧鸩鸟。夏五月，发大水。有慧星进入天船星区。六月，并州刺史张平被苻坚所逼，率领三千人马逃往于平阳，苻坚追上并打败了他。慕容恪进据上党，冠军将军冯鸯率领军事反叛，归附了慕容隽，慕容隽全部攻占了河北的地方。秋八月，安西将军谢奕去世。壬申日，任命吴兴太守谢万为西中郎将、持节、监司豫冀并四州诸军事、豫州刺史。任命散骑常侍郗昙为北中郎将、持节、都督徐兖青冀幽五州诸军事、徐兖二州刺史，镇守下邳。冬十月乙丑日，陈留王曹劢去世。十一月庚子，打雷。辛酉日，地震。十二月，北中郎将荀羡和慕容隽在山荏交战，荀羡大败。
三年春三月甲辰，下诏书，因为连年打仗，粮草运输跟不上，自王公以下每十三户借调一个人帮助运输一年。秋七月，平北将军高昌被慕容隽攻逼，从白马逃往荥阳。冬十月慕容隽侵犯东阿，朝廷派西中郎将谢万驻在下蔡，北中郎将郗昙驻在高平，攻打慕容隽，官军大败。十一月戊子日，进升杨州刺史王述为卫将军。十二月，又任命中军将军、琅邪王丕为骠骑将军，东海王奕为车骑将军。封武陵王晞子<王逢>为梁王。交州刺史温放之率领军队讨伐林邑参黎、耽潦，全都降服了他们。
四年春正月，仇池公杨俊去世，儿子杨世继承爵位。丙戌日，慕容隽死，儿子幕容暐继伪位。二月，凤皇带九个小凤凰出现在丰城。秋七月，因为频繁打仗和徭役，省减宫廷膳食。八月辛丑初一，日食，是全食。冬十月，天狗星落于西南。十一月，封太尉桓温为南郡公，弟弟桓冲为丰城县公，儿子桓济为临贺郡公。凤凰又出现在丰城，有众多的鸟跟随。
五年春正月戊戌，大赦，赏赐鳏寡孤独没有生活能力的人每人五斛米。北中郎将、都督徐兖青冀幽五州诸军事、徐兖二州刺史郗昙去世。二月，任命镇军将军范汪为都督徐兖青冀幽五州诸军事、安北将军、徐兖二州刺史。平南将军、广州刺史、阳夏侯滕含去世。夏四月，发大水。太尉桓温镇守宛城，派他弟弟桓豁率领部队攻取许昌。凤皇出现在沔北。五月丁巳，穆皇帝在显阳殿去世，当时十九岁。安葬在永平陵，庙号孝宗。
哀皇帝名司马丕，字千龄，成帝长子也。咸康八年封为琅邪王。永和元年援散骑常侍，十二年加授中军将军，升平三年除骠骑将军。
升平五年五月丁巳，穆帝去世。皇太后下令说：“穆帝突然患病不能治，继承人没有立，琅邪王司马丕，是中兴王室的正统，德性完美的宗亲。从前在咸康时应当作太子。因为年岁幼小，不足以承担国难，所以显宗成帝让位给康帝。现在亲情名望地位，没有能比得上他的，让琅邪王继承皇统。”于是百官准备好马车，到琅邪王的府第去迎接。庚申日，琅邪王即皇帝位，大赦天下。壬戌日，下诏说：“朕得以承受圣明之命，入朝接受皇位。想到先王宗庙，祭祀没有主人，太妃哭丧的宫庭，空旷没有可以安身之处，心中十分悲痛，五脏就像抽割一样痛楚。宗国所尊崇的，情和礼受到同样重视，子孙继嗣的重要，情与义没有不同。东海王司马奕，是亲近的戚属，应当敬承本族统绪，应以司马奕为琅邪王。”秋七月戊午，把穆皇帝安葬在永平陵。慕容恪攻陷野王，守将吕护退保荥阳。八月己卯日晚上，天空有裂缝，宽数丈，有雷一般的声音。九月戊申，立皇后王氏。穆帝皇后何氏称永安宫。吕护反叛，投奔了莫容暐。冬十月，安北将军范汪犯了罪，被废为庶人。十一月丙辰，下诏说：“显宗成皇帝顾命临终时留下遗命，因为时事多难，弘扬高世的风教，树立德义博得威重，用以振兴社稷。但是国难不断，康帝穆帝过早地离开人世，继续的国运不盛。朕以寡薄的德行，又继承先王的事业，心中有长久的思慕，悲痛摧折人心。昭穆两个皇帝的大义，原本应遵从上天。继承国家大业，是古今的常道。理应上继显宗，用以绵延本族统绪。”十二月，加凉州刺史张玄靓为大都督陇右诸军事、护羌校尉、西平公。
隆和元年春正月壬子，大赦，改年号。甲寅日，削减田税，每亩收税二升。当月，慕容暐的将领吕护、傅末波攻陷小垒，进逼洛阳。二月辛未，任命辅国将军、吴国内史庾希为北中郎将、徐兖二州刺史，镇守下邳；任命前锋监军、龙骧将军袁真为西中郎将、监护豫司并冀四州诸军事、豫州刺史，镇汝南，都暂授苻节。丙子日，推尊生母亲周氏为皇太妃。三月甲寅初一，日食。夏四月，天旱。诏令释放罪轻的囚犯，赈求困乏之人。丁丑日，梁州地震，浩衅有山崩塌。吕护又侵犯洛阳。乙酉日，辅国将军、河南太守戴施逃到于宛。五月丁巳日，派北中郎将庾希、竟陵太守邓遐率领水军救援洛阳。秋七月，吕护等人退守小平津。进升琅邪王司马奕为侍中、骠骑大将军、开府。邓遐进驻新城，庾希部将何谦和慕容暐将刘则在檀丘交战，打败了刘则。八月，西中郎将袁真进驻汝南，运送五万斛米以赠送给洛阳。冬十月，赏赐大米给贫穷的人，每人五斛。章武王司马珍去世。十二月戊午初一，日食。皇帝下诏说：“军旗出征驻守，未能减轻赋税和徭役。天象失度，大旱成灾。难道是政事还不和洽，还是有如传说、以及像渭水之滨的隐士吗！可访求推举隐士免除严峻繁琐的赋税，周祥地商议法令，全部遵循减损之要。”庾希从下邳退守山阳，袁真从汝南退守寿阳。
兴宁元年春二月己亥日，大赦天下，改年号。三月壬寅，皇太妃去世于琅邪府。癸卯日，皇帝奔丧，诏令司徒、会稽王昱总管内外众务。夏四月，慕容暐侵犯荥阳，太守刘远逃奔鲁阳。甲戌日，扬州地震，湖水河水泛溢。五月，加授征西大将军桓温侍中、大司马、都督中外诸军事、录尚书事、假黄钺。又任命西中郎将袁真都督司、冀、并三州诸军事，北中郎将瘦希都督青州诸军事。癸卯，慕容暐攻陷密城，荥阳太守刘远逃往江陵。秋七月，张天锡弑凉州刺史、西平公张玄靓，从称大将军、护羌校尉、凉州牧、西平公。丁酉日，葬章皇太妃。八月，有彗星进入二宿星区，进入天市。九月壬戌日，大司马桓温率领军队北伐。癸亥日，因为皇子出生，大赦天下。冬十月甲申，立陈留王的世子曹恢为王。十一月，姚襄原来的将领张骏杀死江州督护赵毗，焚烧武昌城，抢劫了官府官府的仓库反叛，江州刺史桓冲讨讨伐并杀了张骏。这一年，慕容暐将领慕容尘在升平攻打陈留太守袁披。汝南太守朱斌乘虚袭击许昌成功。
二年春二月庚寅，江陵地震。慕容暐的将领慕容评袭击许昌，颍川太守李福战死。幕容评入侵汝南，太守朱斌逃往寿阳。幕容评又进兵围攻陈郡，太守朱辅环城固守。桓温派江夏相刘岵击退幕容评。改左军将军为游击将军，罢除右军、前军、后军将军五校三将官。癸卯日，皇帝亲自下田劳动以发展农业。三月庚戌初一，大规模地核查户口人数，严历法令，称为庚戌制。辛未日，皇帝病重。皇帝平素喜欢长生不老之术，不吃五谷，专吃长生药，服食过多，于是中了毒，不能治理国政，崇德太后再次上朝摄政。夏四月甲申，慕容暐派他的将领李洪入侵许昌，官军大败于悬瓠，朱斌逃往淮南，朱辅退保彭城。桓温派西中郎将袁真、江夏相刘岵等凿阳仪道用以运输，温率领水军驻在合肥，慕容尘再次驻许昌。五月，把陈郡人迁到陆以躲避幕容氏。戊辰日，任命扬州刺史王述为尚书令、卫将军。任命桓温为扬州牧、录尚书事。壬申日，朝廷派人宣召桓温入朝当宰相，桓温不同意。秋七月丁卯，再次下圣旨招桓温入朝。八月，桓温到了赭圻，就筑城居住在那里。苻坚部队入侵河南，慕容暐侵犯洛阳。九月，冠军将军陈祐留下长史沈劲守卫洛阳，自已带部队逃往新城。
三年春正月庚申，皇后王氏去世。二月乙未，任命右将军桓豁监荆州扬州的义城和雍州的京兆诸军事、领南蛮校尉、荆州刺史；桓冲监江州荆州之江夏随郡豫州和汝南西阳新蔡颍川六郡诸军事、南中郎将、江州刺史，领南蛮校尉，都授节。丙申日，皇帝在西堂去世，当时二十五岁。葬在安平陵。
废皇帝名司马奕，字延龄，是哀帝的同母兄弟。咸康八年封为东海王。永和八年授散骑常侍，不久加授镇军将军；升平四年授车骑将军。五年，改封琅邪王。隆和初年，转任侍中、骠骑大将军、开府仪同三司。
兴宁三年二月丙申，哀帝去世，没有儿子。丁酉日，皇太后下诏说：“皇帝竟然患病不治，祸难频繁降临，哀家的心情很难受。琅邪王司马奕，德性完美，是德才兼备的亲属，应当继承皇位，宜敬奉祖宗，继承皇统。请迅速准备好即位，以让人神安宁。”于是百官到琅邪府去迎奉琅邪王。当天即皇帝位，大赦天下。三月壬申，把哀皇帝安葬在安平陵。癸酉日，散骑常侍、河间司马王钦去世。丙子日，慕容暐的将慕容恪攻陷洛阳，宁朔将军竺瑶逃往襄阳，冠军长史、扬武将军沈劲战死。夏六月戊子，使持节、都督益宁二州诸军事、镇西将军、益州刺史、建城公周抚去世。秋七月，匈奴左贤王卫辰、右贤王曹谷率领军队二万入侵苻坚的杏城。己酉日，改封会稽王司马昱为琅邪王。壬子日，立皇后庾氏。封琅邪王司马昱的儿子司马昌明为会稽王。冬十月，梁州刺史司马勋反叛，自称成都王。十一月，司马勋率领军队进入剑阁，攻打涪城，西夷校尉毌丘暐弃城逃跑。乙卯日，司马勋在成都围攻益州刺史周楚，桓温派江夏相朱序救援周楚。十二月戊戌，任命会稽内史王彪之为尚书仆射。
太和元年春二月己丑，任命凉州刺史张天锡为大将军、都督陇右关中诸军事、西平郡公。丙申日，任命宣城内史桓秘为持节、监梁益二州征讨伐诸军事。三月辛亥，新蔡王司马邈去世。荆州刺史桓豁派督护桓罴攻南郑，魏兴人毕钦率领军队策应桓豁。夏四月，干旱。五月戊寅，皇后庾氏去世。朱序在成都攻打司马勋，司马勋的军队溃败，朱序俘获了司马勋并杀了他。秋七月癸酉，把孝皇后安葬在敬平陵。九月甲午，特赦梁、益二州。冬十月辛丑，苻坚的将领王猛、杨安攻打南乡，荆州刺史桓豁救去救援，军队驻在新野，王猛、杨安退却。任命会稽王司马昱为丞相。十二月，南阳人赵弘、赵忆等战据宛城谋反，太守桓澹逃到新野固守。慕容暐的将领慕容厉攻陷鲁郡、高平。
二年春正月，北中郎将庾希犯了罪，逃到海上。夏四月，慕容暐的将领慕容尘侵犯竟陵，太守罗崇打败了他们。苻坚的将领王猛侵犯寇凉州，张天锡打击他们，王猛的军队被打得大败。五月，右将军桓豁攻打赵忆，赵忆逃跑，恒豁进攻，俘获了慕容暐的将领赵槃，押送到京师。秋九月，任命会稽内史郗愔为都督徐兖青幽四州诸军事、平北将军、徐州刺史。冬十月乙巳，彭城王司马玄去世。
三年春三月丁巳初一，日食。癸亥日，大赦。夏四月癸巳，下冰雹，还有龙卷风。秋八月壬寅，尚书令、卫将军、蓝田侯王述去世。
四年夏四月庚戌，大司马桓温率领军队攻打慕容暐。秋七月辛卯，幕容暐的将领慕容垂率领军队抵抗距温，桓温击败了他们。九月戊寅，桓温裨将邓遐、朱序在林渚遭遇慕容暐的将领傅末波，又大败他们。戊子日，桓温到达枋头。丙申日，因为粮草运输接不上，焚烧了舟船后返回。辛丑日，慕容垂在襄邑追上并击败了桓温的后军。冬十月，有彗星向西飞落，有雷鸣般的声音。己巳日，桓温招招集散兵，屯兵在山阳。豫州刺史袁真率寿阳反叛。十一月辛丑日，桓温从山阳到涂中和会稽王司马昱会晤，准备谋划日后的行动。十二月，在广陵建城居住。
五年春正月己亥，袁真的儿子袁双之、袁爱之害死梁国内史朱宪、汝南内史朱斌。二月癸酉，袁袁真死，陈郡太守朱辅立袁真的儿子袁瑾继嗣，向慕容暐求救。夏四月辛未，桓温部将竺瑶在武丘打败袁瑾。秋七月癸酉初一，日食。八月癸丑，桓温在寿阳击败袁瑾。九月，苻坚的将领王猛攻打慕容暐，攻陷上党。广汉妖贼李弘和益州妖贼李金根聚集人马造**，李弘自称为圣王，有一万多人，梓潼太守周虓讨伐平定了他们。冬十月，王猛大破在潞川大败慕容暐的将领慕容评于潞川。十一月，王猛攻克邺，俘获了慕容暐，全部占有了他的领地。
六年春正月，苻坚派将领王鉴救援袁瑾，将军桓伊迎击，大败王鉴。丁亥日，桓温攻克寿阳，斩袁瑾。三月壬辰，监益宁二州诸军事、冠军将军、益州刺史、建城公周楚去世。夏四月戊午，大赦，赐贫苦和老年无子的人粮食，每人五斛。苻坚的将领苻雅攻打仇池，仇池公杨纂投降。六月，京都和丹阳、晋陵、吴郡、吴兴、临海都大水。秋八月，任命前宁州刺史周仕孙为假节、监益梁二州诸军事、益州刺史。冬十月壬子，高密王司马俊去世。十一月癸卯，桓温从广陵到白石屯驻。丁未日，谋划废黜当今皇帝，另立新皇帝，并放出传闻说皇帝在封国时早就有阳痿的疾病，他宠爱的人相龙、计好、朱灵宝等参于内室之事，使得他的两位美人田氏、孟氏生三病人个儿子，想受到分封立位，当时人们都很疑惑，桓温于是用伊尹、霍光的事迹委婉地劝说太后。己酉日，在朝堂里聚集百官，宣示崇德太后的令说：“王室艰难，穆帝、哀帝福运短暂，没来得及养育后代，无法立太子。琅邪王司马奕按亲属来说是皇帝的同母弟弟，所以让他入继皇位。没有想到他不建立德行，竟然到了这种地步，昏昧悖乱，违犯礼法。生了这三个孽障，不知道是谁的儿子。人伦之道丧失，丑恶的名声远扬。司马奕既不能谨守社稷，敬承祖宗，又极为昏乱悖孽，却想立太子封藩王。欺骗祖宗，动摇皇室基业，是可忍，孰不可忍！现在废黜司马奕为东海王，以东海王的身份返回宅第，供奉守卫的标准，都和汉朝昌邑王一样。这是我的不幸，遭逢了这么多的忧患，想起生者和死者，心如刀割。社稷大计，大义没有得以伸张。对着纸悲伤欲绝，怎么还能说话。”于是百官进入太极前殿，即日桓温让散骑侍郎刘享收回皇帝的玺绶。皇帝穿着白帢帽和单衣，走下西堂，乘坐牛车驶出神兽门。群臣恭敬地告别，无不觑欷叹息。侍御史、殿中监率领一百名士兵护送到东海府第。
当初，桓温有夺取帝位的野心，打算先在河朔立功，以得到世人的瞩目和声望。到了枋头失败后，威名顿时受损，就秘密地策划废除皇帝立新帝，以此来增加威势权力。但是又害怕皇帝恪守正道，担心这么做会招来议论。因为宫阐深闺之中的事情隐秘，床笫间的事情容易诬灭，就放出话说皇帝是没有性能力的人。于是进行了废黜。最初，皇帝也经常担心桓温，曾经召来术士扈谦下筮，卦象出来以后，扈谦说：“晋皇室像磐石一样稳固，陛下有离开宫廷的微象。”结果竟然和扈谦说的一样。
咸安二年正月，降封皇帝为海西县公。四月，徙居吴县，敕命吴国内史刁彝防卫，又派御史顾允监督。十一月，妖贼卢悚派弟子殿中监许龙大清早到海西县公大门前，称说有太后密诏，奉迎海西县公回去恢复皇位。皇帝开始想听从许龙，听取了集中统一的规谏后作罢。许龙说曰：“大事就要成功了，怎么还听女人的话呢？”皇帝说：“我犯了这样的罪，幸而承蒙宽宥，怎么敢轻举妄动呢！而且太后如果有诏令，就应该派自己的心腹来，为什么偏偏是你呢？你一定是作乱。”就呼喝侍从们绑了他，许龙惊慌逃走。皇帝知道皇位不能再得，很担心遭来横祸，就对世事不闻不门，无忧无虑，终日饮酒作乐，沉溺于内宠之中，不抚育自己的儿子，希望能保住自身。当时的人们哀怜他，给他唱赞歌。朝廷因为皇帝安于屈辱不再担忧他东山再起。太元十一年十月甲申，皇帝在吴国去世，当时四十五岁。
史臣曰：孝宗年幼，由母亲摄政，中外无事，安定了十多年。用武安君那样的雄才，在疆场开拓；用周文王那样的风化，施行到了江汉，那么这就是孔子所说的没有非议了。哀皇帝宽厚仁惠，可以做国君，但是祭祀祈福于上天，德行蒙受污损。海西公拒绝许龙让他恢复皇位，屈身于放逐之臣，正所谓是柔弱胜刚强，能够享尽天年的人。
赞曰：帝位虚设，母后当政，大孝为根本。遵循母亲教诲，成就诚信恭谦。可作西边玉垒的榜样，可作北边金墉的旗帜。迁徒的殷人追日的僰人，没有不来归顺的。哀后宽厚仁惠，神灵自来会集。海西公多难，灾祸降临头上。他不是辅臣，我也不是昌邑。